ケースによっては、仲裁の被告は、有効な仲裁合意に拘束されていないこと又は仲裁合意は当事者の紛争をカバーしていないことを仲裁人に主張し、仲裁自体に管轄異議を申し立てる。
仲裁人は、そのような管轄権の異議を考慮し、決定を行う権限を有している（例えば、UNCITRAL モデル法第16条やその他の仲裁規則の同趣旨の規定）。
この場合、書面の提出、証拠調べ、証人尋問が行われた上で、仲裁人の裁定が出される。実質的な紛争を解決するのと似た手続で管轄権争いが判断される 。
仲裁廷は管轄権の異議を支持する場合、原告の主張を却下し、仲裁は終わる（潜在的に司法審査にさらされる可能性がある、消極的管轄裁定付きで）。
逆に、仲裁廷が異議を拒否した場合、それは積極的管轄裁定を行い（潜在的には司法審査の対象となる）、仲裁は本案に進む。
