仲裁合意が存在するためには、当事者が正当にその契約に同意している必要がある。当事者が正当に仲裁契約に同意したかどうかという疑問は、契約の成立に一般的に適用される原則にのっとる。
実際には、国際的な商業取引における同意は、通常、執行役員の署名のある正式契約の実行と、書面によって証明される。仲裁契約への同意の有無（例えば、口頭のやりとりで証明される）と仲裁合意の正式な妥当性（書面又は署名を必要とする場合がある）との間の区別に注意しよう。
ほとんどの場合、仲裁条項への同意は、当事者が主契約又は基本契約（仲裁条項を含む）に同意することによって証明される。分離推定にもかかわらず、基本契約の当事者の承諾はほとんど常に仲裁条項への同意を含む。
それにもかかわらず、
- 主契約又は基本契約に同意したけれども仲裁条項には同意しなかった（例、条項を知らなかったので）と主張する場合、又は
- 基本契約が実行されていないけれども、当事者が仲裁条項には個別に合意したと主張する場合（例、契約交渉に伴う紛争をカバーするために）
がある。
これらの例では、裁判所や仲裁廷は、基本契約の同意にかかわらず、分離可能な仲裁合意への同意を当事者が明示したがどうかを検討する。
当事者の仲裁手続の開始、又は手続に異議なく参加することは、仲裁合意の有効な同意の根拠となる。
UNCITRAL モデル法 第16条（2）
仲裁廷が管轄を有しないとの主張は、答弁提出前になされなければならない。当事者は、仲裁人を選定し、又は仲裁人の選定に参加したとの事実によって、かかる主張をすることを妨げられない。仲裁廷がその権限の範囲を超えているとの主張は、その権限の範囲外であると主張される事項が仲裁手続中提起された後速やかに行われなければならない。仲裁廷は、いずれの場合にも、遅延に正当な理由ありと認めるときは、時機に遅れた主張を許すことができる。
